1831 m. gruodžio 23 d. Emilija mirė Vainežerio kaime. Naktį laiveliu Baltosios ančios upe ji buvo slapta atplukdyta į Kapčiamiesčio bažnyčią ir palaidota Kapčiamiesčio kapinėse. E. Pliaterytei atminti pastatytas paminklas Kapčiamiesčio kapinėse ir miestelio centre.
