Nuo XVII a. pradžioje minimas Pajūralio dvaras (iki 1842 m. priklausęs Pilsudskiams, vėliau Plateriams), 1821 m. – miestelis. Tiek dvaras, tiek kaimas iki XVIII a. vidurio vadintas Naujadvariu, Didžiuoju Pajūriu arba tiesiog Pajūriu, o tik nuo XIX a. pabaigos – Pajūraliu.
1750 m. pastatyta Pajūralio bažnyčia, kuriai paskirtas globėjas šv. Joakimas. Ji 1893 m. sudegė. Tik 1903 m. Pajūralio dvaro savininkas Vladislovas Broel-Plateris gavo leidimą ir savo bei parapijiečių lėšomis ją 1908 metais atstatė. 1881–1882 m. Pajūralio valstiečiai pasipriešino žemių ribų vedimui; jų malšinti atsiųsta kariuomenė. Pradinė mokykla nuo 1919 m. Pokariu Pajūralio apylinkėse veikė Kęstučio apygardosLietuvos partizanai.
Sovietmečiu – Pajūralio tarybinio ūkio (1959 m.) centrinė gyvenvietė. Iki XX a. pabaigos turėjo miestelio statusą, tačiau vėliau jo neteko.
Pajūralio bažnyčia
