Dvaro pirmtake laikytina ant Veprių piliakalnio stovėjusi medinė lietuvių pilis, kurią 1384 m., tarpusavio kovų dėl valdžios Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje metu, užėmė Vytautas, padedamas Kryžiuočių ordino. Piliai praradus savo gynybinę reikšmę, šalia iškilo dvaro pastatai.Per Švedų tvaną, 1656 m. rugpjūčio 12 d. pro Veprių dvarą Kėdainių link nuo rusų ir kazokų kariuomenės traukėsi Jonušo Radvilos daliniai. Ant piliakalnio buvę XVII a. Šemetų pastatyti renesansiniai dvaro rūmai buvo nuniokoti švedų per Šiaurės karą, 1704 m., todėl dvaro centras perkeltas į dabartinę vietą ežero terasoje, 250 m į pietvakarius.
XIX a. pradžioje pastatytas klasicistinis vieno aukšto rūmų pastatas, prie kurio vakarinės pusės XIX a. pabaigoje pristatytas dviaukštis klasicistinis, stačiakampio formos priestatas, papuoštas keturių kolonų portiku. Šiuo metu dvaro pastatų ansamblį sudaro keletas XIX a. – XX a. pradžios rezidencinių ir ūkinių statinių, su nedideliais pakeitimais išlikusių iki šių dienų.
Iki šiol išlikę dvaro rūmai statyti XIX-XX a. sandūroje Adomo Broel-Pliaterio kaip senųjų rūmų priestatas.
